De stichting heeft als doel het waardevolle culturele erfgoed van de Schermer, waaronder het Schermer Molencomplex, te behouden en waar mogelijk te restaureren en de Museummolen in Schermerhorn te exploiteren. De afgelopen 45 jaar kwamen er meer dan anderhalf miljoen bezoekers. Bij de start van de Stichting Schermer Molens in 1964 werden door het Waterschap De Schermeer twaalf resterende watermolens aan de stichting overgedragen. De gemeente Oterleek bracht later ook de korenmolen De Otter in. In het jaar 2000 verwierf de Stichting van de provincie Noord-Holland de drie strijkmolens bij Rustenburg. De stichting zet zich in voor behoud van de Schermermolens en de Schermer als cultuurhistorisch landschap. De Museummolen fungeert als vlaggenschip en trekt als landmark en populaire toeristische attractie vele duizenden bezoekers.